S. François d'Assise porte un habit usé et tient dans ses mains un crâne, symbole de la mort. Le tableau date de la période de la Contre-Réforme où l'on attachait une grande importance à la représentation des saints. Lumières, ombres et formes font ressortir le caractère tragique du Caravage, qui s'est pourtant inspiré des biographes les plus célèbres pour représenter le saint.