Le temple d'Isis a été érigé immédiatement au sud du temple d'Apollon et a été partiellement rattaché au même mur de soutènement que la fontaine de Philothalès. Le plan rectangulaire est plus large en façade qu'en profondeur, avec de petits orthostates au fond, un cadre interne divisant le socle et le mur, et une maçonnerie isodomique dans la dernière partie.