Der Isis-Tempel wurde unmittelbar südlich des Apollo-Tempels errichtet und war teilweise an dieselbe Terrassenmauer wie der Philothales-Brunnen angebaut. Der rechteckige Grundriss ist an der Fassade breiter als in der Tiefe, mit kleinen Orthostaten am Boden, einem inneren Rahmen, der Sockel und Wand trennt, und isodomischem Mauerwerk im letzten Teil.